本发明提供了一种报文处理方法及装置、系统、存储介质以及电子设备，上述方法包括：在通过第一虚拟可扩展局域网隧道终端VTEP中的第一交换芯片对目标报文进行虚拟可扩展局域网VXLAN封装的过程中，通过第一交换芯片在目标报文的VXLAN报文头中添加源节点对应的第一终结点分组EPG标识以得到VXLAN报文，目标报文为源节点发送给目的节点的报文；通过第二VTEP接收第一VTEP发送的VXLAN报文；通过第二VTEP中的第二交换芯片对VXLAN报文进行解封装得到第一EPG标识和目标报文；通过第二交换芯片根据目标隔离策略对目标报文进行处理，目标隔离策略为根据第一EPG标识以及目的节点对应的第二EPG标识确定的隔离策略。通过本发明，解决了相关技术中无法实现交换芯片级的VXLAN微分段的技术问题。