本发明公开了一种基因工程菌及其在生产半胱氨酸中的应用，该基因工程菌包括宿主细胞和目的基因，目的基因插入至游离型质粒中；或同时插入至质粒和基因组中；插入至质粒中的目的基因主要由按顺序连接的trpBA基因和trpB基因构成；插入至基因组中的目的基因为trpBA基因。本发明通过将trpBA基因和trpB基因插入宿主细胞中，得到trpBA基因和trpB基因过表达的基因工程菌，该工程菌能够表达出特定摩尔比例的α亚基和β亚基，从而使酶法合成L‑半胱氨酸的反应中有较高的催化速率和转化率，其中酶转化时间缩短至2‑8h，L‑丝氨酸摩尔转化率达到95％以上。