本发明公开了一种利用L‑赖氨酸废液发酵生产农用微生物菌剂的方法及农用微生物菌剂。其中，该方法包括以下步骤：S1，选取两种或两种以上用于生产农业微生物菌剂的菌株；S2，针对不同的菌株利用L‑赖氨酸废液配制不同的发酵培养液；S3，利用S2中配置的发酵培养液对不同的菌株分别进行发酵培养；以及S4，按照预定的比例对不同的菌株发酵液进行混合，得到农用微生物菌剂。应用本发明的技术方案，选取两种或两种以上用于生产农业微生物菌剂的菌株，针对不同的菌株利用L‑赖氨酸废液配制不同的发酵培养液，然后针对不同的菌株分别进行发酵培养，这样可以在较短的时间内繁殖足够数量的各种菌株，从而降低生产成本，提高生产效率。