本发明公开了一种硅质无机纳米渗透型混凝土结构防护涂料的制备方法，包括：将氢气与氧气按比例混合，通入第一反应釜内的硅酸钠溶液中；将四氯化硅液体除水、精馏、分子筛处理，得到含过氧化物的四氯化硅气体；将得到的气体通入第一反应釜内，升温、加压，反应30分钟；向第一反应釜通入纯净空气进行气体置换；将第一反应釜的产物通入碱洗塔、干燥塔后送至第二反应釜；向第二反应釜加入乙醇，升温至80℃并通入γ‑甲基丙烯酰氧丙基三甲氧基硅烷溶液，反应1～1.5小时；将产物进行分离、洗涤和干燥；将得到的固体颗粒溶于水，制得所述防护涂料。该涂料渗透性强、抗冻融、耐酸碱、防护效果好，粘结性和耐久性强且制备、施工简单，成本低。