本发明提供了一种嵌入式计算机的软硬件协同加密电路及方法，该软硬件协同加密电路包括DSP、FPGA、FLASH，所述DSP用于加密存储在FLASH中的二进制文件，并将JTAG仿真口封死；所述FPGA用于加密DSP和并行FLASH之间中转的数据线和地址线，同时用于加密本身的FPGA软件并将加密后的FPGA软件存储在FLASH中。本发明采用自带加密功能的DSP和FPGA，对计算机的硬件和软件存储进行加密处理，该加密方法稳定可靠，安全完善，满足嵌入式计算机加密的需求，防止山寨产品随意拷贝嵌入式计算机的软硬件。