本发明公开了一种基于深度学习的鸡群计数方法及应用，该方法包括下述步骤：采集鸡群图像，对所有鸡群图像进行图像预处理和图像增强，将处理后的鸡群图像输入到MCNN网络中进行训练，并将图像块映射到相应的密度图；MCNN网络包括三列具有不同滤波器大小的卷积神经网络，利用具有不同卷积核大小的网络分别提取鸡群图像的特征，将特征图线性加权得到密度图；在所有鸡头的中心位置进行标记，学习每只鸡在图像中的标注位置，通过高斯核卷积获得地面真实密度图；对密度图进行积分得到鸡群图像中鸡的个数。本发明用特征提取代替了对目标个体的人工识别，不需要复杂的图像和特征处理过程，自动提取图像特征，自动学习特征。