本发明公开了一种胶囊内窥镜磁吸式采样装置，包括：胶囊内窥镜本体，在所述胶囊内窥镜的表面分别设置第一固定部和第二固定部；在第一固定部和第二固定部之间，设置动子永磁体和定子永磁体；所述定子永磁体与第二固定部连接，所述动子永磁体与移动部连接，所述移动部连接取样部，所述第一固定部上设有与取样部相适配的通孔，以在设定的外磁场作用下，使得动子永磁体和移动部沿轴向运动，从而带动取样部自所述通孔伸出。本发明在现有胶囊内窥镜机器人的基础上，无需更改现有内部结构，外置集成采样装置，减小了对于胶囊内部空间的使用，装置结构简单、高效。