本发明公开了一种无人舰艇控制系统，包括远程控制单元，用于发出远程控制信号，所述远程控制单元包括遥控器、网络移动终端，所述遥控器包括预定巡航路线选择开关；信息处理单元，所述信息处理单元与遥控器、网络移动终端信号连通，用于接收所述遥控器、网络移动终端发出的远程控制信号并进行处理并生成执行控制信号；执行单元，用于接收所述信息处理单元发出的执行控制信号或遥控器所发出的远程控制信号，并根据所述接收的控制信号控制舰艇的移动，本发明针对目前无人船艇的自主巡航模式只能在电脑端进行操作，融合遥控器控制与电脑控制模式，利用遥控器操作来实现无人船艇自主巡航。