本发明涉及一种绿色、高效船舶废气多污染物脱除净化系统及智能调控方法，包括装置部分、感知部分、控制部分和优化部分，装置部分包括船舶柴油机、多污染物洗涤剂制备装置、多污染物强化脱除装置、多污染物洗涤残液一体化净化装置和废气排气筒；感知部分进行信息采集、预处理、整合、存储、发放；控制部分通过实时运行工况和优化参数设定，进行关键操纵量调节、保证系统稳定达标和优化调节；优化部分包括污染物生成浓度和出口污染物浓度预测模型构建的计算平台，实现航行环境频繁变化、负荷频繁波动下脱硫运行方式的智能切换，及系统运行关键参数的精确调节和优化调控，节能降耗、提高排放稳定性、减少环境污染物和资源消耗。