本发明属于生物医药技术领域，尤其涉及一种基于新型冠状病毒S蛋白的纳米抗体及其应用。本发明利用纳米抗体文库，以2019新型冠状病毒的Spike S1+S2ECD为靶点，筛选获得一种针对2019新型冠状病毒的纳米抗体，经ELISA检测，不仅能够特异性识别2019新型冠状病毒的Spike S1+S2ECD靶点，还同时能够识别Spike RBD靶点，且结合信号较强。将相应抗体序列构建至原核表达载体中进行表达纯化，成功表达出目标抗体，纯化后纯度大于90％；且经VHH抗体ELISA检测发现，纯化后的纳米抗体对两种靶点均具有较高的亲和力。