本发明公开了一种褐藻胶裂解酶突变基因、褐藻胶裂解酶突变体、含该突变体的工程菌及构建方法和应用。本发明还公开利用基因工程的技术方法，将该新褐藻胶裂解酶的突变基因克隆到大肠杆菌表达载体上，获得可异源表达该酶的大肠杆菌重组菌株，用该菌株异源表达来制备的褐藻胶裂解酶突变体mAlgNJU‑03，具有降解褐藻酸钠制备褐藻酸钠寡糖并改变了寡糖聚合度的功能。本发明提供的褐藻胶裂解酶突变体mAlgNJU‑03可广泛应用于化工、农业、食品、饲料添加、医药及海藻遗传工程等领域。