本发明提供了一种晶圆键合质量检测方法及系统，检测方法包括如下步骤：提供第一晶圆和第二晶圆，第一晶圆包括叠置的第一硅层和第一键合金属层，第二晶圆包括叠置的第二硅层和第二键合金属层，第一晶圆和第二晶圆通过第一键合金属层与第二键合金属层相互键合以形成测试结构；对测试结构进行电流电压测试，得到测试结构的电流电压测试曲线，并根据电流电压测试曲线表征测试结构的键合质量。本发明针对低温键合晶圆界面的质量评估需求，通过对测试结构进行电流电压测试，实现了对晶圆键合质量快速且无损的表征，揭示了键合界面的电学特性，对于三维单片集成工艺的开发具有重要意义。