本发明公开了一种光伏系统控制器、光伏系统及控制方法，用于将异常的光伏组件从电池组串中脱离，所述光伏系统控制器包括：采集模块，采集所述光伏组件上的运行参数，包括IV数值；通信模块，与所述采集模块连接，将所述采集模块采集到的数据通过无线或有线的方式进行传输至云端，接收云端发出的选通指令；选通模块，与所述云端连接，根据云端发出的选通指令，对光伏组件的任一一端进行择一选通，并将选通到的一端连接至连接端；主控和电源模块，与所述光伏组件、采集模块、通信模块和选通模块连接，对各模块操作进行调度和管理，并从所述光伏组件上取电。本发明提供的一种光伏系统控制器、光伏系统及控制方法具有提升电池组串效率等优点。