本发明属于生物信息学、智能优化、计算机应用领域，公开了基于进化搜索的蛋白质构象空间优化方法。本发明包括：用氨基酸序列在第0代时的随机构象初始化种群；将种群中个体按照势能值排序；选择低势能个体作为当前采样前的父代个体，对每一个父代个体应用片段替换技术进行修改生成子代个体；对得到的每一个子代个体，应用最小化策略进行一系列的片段替换运动，映射到附近的极小值状态；将经过最小化策略处理后的所有子代个体与种群中其他个体形成的并集经过截断选择后选出新的种群。本发明改进了基本进化方法的不足，如：容易过早收敛到次优区域。本发明借助于以局部贪婪搜索为特征的最小化步骤，实现了采样能力更高的蛋白质构象空间探索方法。