本发明提供一种小丑鱼鱼菜共生循环水繁育方法，所述的方法包括：1)养水、2)种藻：3)繁育小丑鱼等步骤，既可以稳定生产，又可为循环水繁育系统提供净化；藻缸内供海藻攀附的基质采用陶瓷环而不是海沙，有效扩大了培菌体积，同时在满足海藻须根攀附的基础上对水流循环没有任何阻碍，而且也不容易蓄积污染物。本发明充分满足了小丑鱼和海洋观赏藻类的生态需求，有效实现了立体混合繁育和养殖，增加了繁育和养殖的经济效益；同时小丑鱼的残饵与粪便被藻类作为营养有效吸收，提供了水质净化，使养殖水体的物质和能量平衡处于一种动态的平衡状态。