本发明公开了一种从孕妇宫颈脱落细胞中分离胎盘滋养层细胞的方法。该方法基于研究确定的滋养层细胞表面或胞内表达的特异性抗原及组合，并利用设计的微流控分选芯片或流式细胞仪，对胎盘滋养层样本的细胞悬浮液进行细胞分选，获得分离纯化的胎盘滋养层细胞。本发明与传统方法相比，具有无创获取标本和特异性好的优势，而且该方法取材时间较早，导致感染及流产的风险低，能实现同时对多个抗原进行同步标记和特征荧光信号的识别和分选，准确性得到较大提升，检测结果又具有更高的可信度和更广的覆盖范围。