本发明公开了一种侵袭性毛霉病病原菌的引物和探针及其实现方法、检测系统，所述方法包括：对已获取的侵袭性毛霉病病原菌各菌种的全基因组数据进行比对，得到侵袭性毛霉病病原菌的多个保守基因；利用通过全基因组数据比对得到的侵袭性毛霉病病原菌的多个保守基因，设计特异性满足要求的侵袭性毛霉病病原菌的通用引物和探针以及侵袭性毛霉病病原菌各菌种的种特异性引物和探针。利用本发明所设计的引物和探针，可以提高侵袭性曲霉病病原菌检测的灵敏度和特异度、可检测包括烟曲霉、黄曲霉、土曲霉、黑曲霉、构巢曲霉在内的多种菌种，适用于BALF及FFPE组织、渗出液(脓液)等不同临床样本。