本发明公开了一种地表沟谷径流下煤层局部充填减损开采方法，根据矿区基础资料，确定工作面导水裂隙带高度及涌水量，预测隔水层破坏程度及突水危险性；确定过沟谷前最近局部充填开采、过沟谷后正常开采位置，采用地表沟谷径流下煤层三段式局部充填减损开采方案，间隔布置柔模垛式充填体，确定局部充填开采条件下充填关键技术参数；实施地表沟谷径流下煤层三段式局部充填减损开采方案及充填关键技术参数优化调整；整个地表沟谷径流条件下煤层安全高效开采。本开采方案有效控制了顶板变形运动，保护沟谷径流下隔水层的完整性，有效降低了生产成本，减少了充填时间，提高了地表沟谷径流下工作面采出率，保障了煤层高效开采。