本发明公开了一种基于控制器输出状态安全熵的工控系统入侵检测方法。该方法不需要额外采集工控系统设备信息，通过采集控制器输出状态并有效处理即可实现入侵检测。该方法基于获得的控制器输出状态集合，通过处理得到数字输出状态集合和模拟输出状态集合，然后建立状态关联度描述状态对的独立关系。在确定状态对之间的独立关系后，分别计算数字输出状态和模拟输出状态的安全熵，并计算得到用于衡量整个工控系统安全状态的联合安全熵。最后，在所设定的固定周期内迭代计算联合安全熵，通过实时联合安全熵与安全阈值的比较，快速可靠的判断工控系统是否遭到入侵。