本发明实施例公开了一种磁悬浮电机的控制系统、方法及存储介质。该磁悬浮电机的控制系统包括前端位置检测模块、后端位置检测模块、转速检测模块和悬浮控制模块；所述前端位置检测模块，用于获取转子前端参数信息；所述后端位置检测模块，用于获取转子后端参数信息；所述转速检测模块，用于获取转子转速；所述悬浮控制模块，分别与所述前端位置检测模块、所述后端位置检测模块以及所述转速检测模块相连，用于根据获取到的所述转子前端参数信息、所述转子后端参数信息和所述转子转速确定转子的悬浮间隙，以根据所述悬浮间隙控制所述转子悬浮至目标运转位置。本发明实施例的技术方案，以实现磁悬浮电机的稳定悬浮控制，提升磁悬浮电机的抗干扰性。