一种分离和/或富集宿主源核酸和病原核酸的方法和试剂及其制备方法。所述方法包括选自如下（a）或（b）的步骤：（a）将固定在固相载体上的宿主源探针与含有宿主源核酸和病原核酸的液体样品混合孵育，使宿主源探针与宿主源核酸杂交；进行固液分离得到结合在固相载体上的宿主源核酸和保留在液体样品中的病原核酸；（b）将宿主源探针、固定在固相载体上的病原探针与含有宿主源核酸和病原核酸的液体样品混合孵育，使宿主源探针与宿主源核酸杂交、病原探针与病原核酸杂交；进行固液分离得到结合在固相载体上的病原核酸和保留在液体样品中的宿主源核酸。该方法使用宿主源探针特异性捕获宿主源核酸，通过分离宿主源核酸来实现病原核酸的富集。