本申请公开了一种列车的牵引控制系统及运行模式切换方法，该系统包括：列车的受电弓经第一接触器与牵引辅助变流器连接；牵引辅助变流器包括牵引逆变器和辅助逆变器，牵引逆变器的输出端接至列车的牵引电机，辅助逆变器的输出端通过第二接触器接至交流母线；双向充电机的交流端接至交流母线，直流端通过第三接触器与蓄电池连接；蓄电池通过第四接触器与牵引辅助变流器的输入端连接；在正常运行时，双向充电机为蓄电池充电；在进行列车应急牵引时，由蓄电池为牵引电机和辅助负载供电；在列车过分相时，由蓄电池为辅助负载供电。本申请不仅简化了对列车过分相不断电与应急牵引的控制方式，而且在不同速度段均可实现过分相不断电控制，适用性高。