本发明公开了一种含铁杂质石材的环保除锈剂及其制备方法。所述环保除锈剂按质量分数计由以下组分组成：有机酸15%~30%，无机酸0.5%~2%，渗透剂0.5%~1.5%，铵类化合物5%~8%，石蜡油1%~5%，醇胺0.5%~1.5%，余量为水。本发明所述除锈剂中的有机酸具有配位作用，可与铁离子配位产生Fe2+、Fe3+以致络合铁离子，使其生成稳定的络合物以便进一步快速除锈；本发明的石材除锈剂除锈后，可在石材表面形成吸附膜以达到除锈不返锈的目的，并保持石材本色；本发明工艺简单且对环境无污染。