本发明涉及一种病原菌种的低温保藏方法，属于病原菌种保藏技术领域。本发明提供的用于低温保存耶尔森菌属的菌，包括如下步骤：将低温保护剂与菌悬液混合，震荡均匀后，在‑70℃～‑90℃进行保藏，其中，低温保护剂包括：甘油、蔗糖、左旋肉碱以及PBS缓冲液，甘油、蔗糖、左旋肉碱的摩尔比为(2‑9)：(0.2‑0.9)：(0.5‑2)。因为在该病原菌种的低温保藏方法中，将单一的保护剂甘油、蔗糖、左旋肉碱进行混合后作为复合保护剂，且保藏效果明显优于单一的保护剂，所以，本发明提供的低温保护剂对低温保存鼠疫杆菌具有较高的存活率，同时本发明提供的病原菌种的低温保藏方法不仅可以降低体系的毒性，还具有较好的保藏效果，因此可以有效地保藏鼠疫杆菌。