本发明提供了一种基于北斗时频的自适应频标跟踪系统及跟踪方法，包括卫星信号频率测量模块、FPGA可编程模块、精密频率源模块、自适应频标产生模块、显示模块和电源模块；卫星信号频率测量模块的信号输出端连接FPGA可编程模块的信号输入端，FPGA可编程模块的信号输出端和精密频率源模块的信号输出端分别连接自适应频标产生模块的信号输入端，自适应频标产生模块的信号输出端连接显示模块的信号输入端；本发明能够大幅度提高北斗卫星信号的位置服务能力和定位精度，加强北斗卫星时频系统的稳定性和可靠性。