本发明公开了一种串口数据过滤的方法及系统，应用于过滤上位机业务应用程序与串口设备之间的通信数据的情况，包括：Windows操作系统启动，更新数据过滤协议；加载配置文件，读取配置文件，读取所需要过滤的串口设备所连接的串口号；上位机业务应用程序进行读写数据操作，调用Windows操作系统的I/O模型；Windows操作系统的I/O模型加载配置文件，获取数据过滤协议，根据数据过滤协议过滤数据，并将过滤后的数据传递给物理串口或者上位机业务应用程序。在不影响其他串口设备的使用下实现目标串口设备与目标主机之间通讯数据的过滤。