本发明公开了一种用于对病原体类型进行自动分析的方法及系统，首先通过两种不同的算法对待测样本的不同数据类型的第一测序读段数据的病原体类型进行初步判断，然后进行第二测序读段数据的选取，然后将识别出的不同的病原体类型的第二测序读段数据与对应的病原体参考序列进行比对验证和筛选，从而确定待测样本中存在的病原体类型；本发明的方法能够有效处理基于第三代测序技术产生的长读长数据，减小了精确比对的计算量，能够实现典型三代宏基因组或宏转录组数据在30分钟内的准确分析和报告生成，满足了进行快速病原检测分析的需求；同时，该方法也能够针对二代测序获得的短读长数据进行分析，具有较好的数据兼容性。