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公开(公告)号：CN117701678A
公开(公告)日：2024-03-15
申请号：CN202311702148.5
申请日：2023-12-12
申请人： 北京源生康泰基因科技有限公司
IPC分类号： C12Q1/6806
摘要： 本发明涉及微生物基因检测技术领域，具体涉及一种用于高效去除感染样本宿主核酸的方法，特别适用于肺泡灌洗液、痰液、脑脊液等感染样本的病原体宏基因组检测和宏转录组检测。通过RIPA裂解液将宿主和微生物差异裂解，并使用全能核酸酶去除宿主核酸，大大降低宿主基因组占比，包括步骤：对采集样本进行富集；裂解宿主细胞；消化宿主核酸；富集微生物细胞；裂解微生物，回收微生物核酸。本发明可同时消化宿主DNA和RNA，使其同时适用于宏基因组测序和宏转录组测序。该方法可在60min内完成宿主核酸的去除及回收微生物核酸全过程，可去除感染样本中2％‑95％的宿主核酸，大幅提高感染样本中病原微生物核酸比例，具有高效、简易、低成本和快速去宿主核酸的特点。
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公开(公告)号：CN113096737B
公开(公告)日：2023-10-31
申请号：CN202110331835.5
申请日：2021-03-26
申请人： 北京源生康泰基因科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种用于对病原体类型进行自动分析的方法及系统，首先通过两种不同的算法对待测样本的不同数据类型的第一测序读段数据的病原体类型进行初步判断，然后进行第二测序读段数据的选取，然后将识别出的不同的病原体类型的第二测序读段数据与对应的病原体参考序列进行比对验证和筛选，从而确定待测样本中存在的病原体类型；本发明的方法能够有效处理基于第三代测序技术产生的长读长数据，减小了精确比对的计算量，能够实现典型三代宏基因组或宏转录组数据在30分钟内的准确分析和报告生成，满足了进行快速病原检测分析的需求；同时，该方法也能够针对二代测序获得的短读长数据进行分析，具有较好的数据兼容性。
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公开(公告)号：CN113096736B
公开(公告)日：2023-10-31
申请号：CN202110326137.6
申请日：2021-03-26
申请人： 北京源生康泰基因科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种基于纳米孔测序的病毒实时自动分析方法及系统，包括：按照预设的时间间隔扫描测序数据存储文件夹中的文件，以确定新的测序数据文件；对每个新的测序数据文件进行完整性校验和格式处理，以确定待测文件；对所述待测文件中的每个测序读段数据进行数据清洗，以获取质量合格的第一测序读段数据；将每个第一测序读段数据与预设的病毒基因组参考序列进行比对，并根据第一比对结果筛选，以确定第二测序读段数据；将第二测序读段数据和已存储的测序读段数据进行合并，并和预设的病毒基因组参考序列进行比对，以获得第二比对结果；根据第二比对结果确定测序深度，根据测序深度确定参考基因组覆盖度，并根据参考基因组覆盖度确定分析结果。
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公开(公告)号：CN113096737A
公开(公告)日：2021-07-09
申请号：CN202110331835.5
申请日：2021-03-26
申请人： 北京源生康泰基因科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种用于对病原体类型进行自动分析的方法及系统，首先通过两种不同的算法对待测样本的不同数据类型的第一测序读段数据的病原体类型进行初步判断，然后进行第二测序读段数据的选取，然后将识别出的不同的病原体类型的第二测序读段数据与对应的病原体参考序列进行比对验证和筛选，从而确定待测样本中存在的病原体类型；本发明的方法能够有效处理基于第三代测序技术产生的长读长数据，减小了精确比对的计算量，能够实现典型三代宏基因组或宏转录组数据在30分钟内的准确分析和报告生成，满足了进行快速病原检测分析的需求；同时，该方法也能够针对二代测序获得的短读长数据进行分析，具有较好的数据兼容性。
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公开(公告)号：CN116705160A
公开(公告)日：2023-09-05
申请号：CN202310718964.9
申请日：2023-06-16
申请人： 北京源生康泰基因科技有限公司
摘要： 本发明涉及基因组测序技术领域，具体涉及一种基于纳米孔测序数据的病原宏基因组分析方法，首先在第一轮比对中，通过并行Kraken2、Centrifuge、Pandora和Minimap2四种快速比对软件和算法实现了针对典型数据(1Gb纳米孔测序数据)的物种初步判别；在第二轮和第三轮验证分析中，使用精确比对算法BLAST分别将上一轮判别的各个物种的读段与该物种参考序列及本样本识别到的其他病原参考序列进行交叉比对验证，有效减少了精确比对的计算量。通过Minimap2与耐药基因/点突变数据库进行比对，并通过blast精确比对算法进行耐药基因/点突变的识别。通过构建该方法和系统，实现了典型纳米孔测序病原宏基因组数据在30min内的准确分析和报告生成，并有效兼容二代测序数据分析。
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公开(公告)号：CN113096736A
公开(公告)日：2021-07-09
申请号：CN202110326137.6
申请日：2021-03-26
申请人： 北京源生康泰基因科技有限公司
摘要： 本发明公开了一种基于纳米孔测序的病毒实时自动分析方法及系统，包括：按照预设的时间间隔扫描测序数据存储文件夹中的文件，以确定新的测序数据文件；对每个新的测序数据文件进行完整性校验和格式处理，以确定待测文件；对所述待测文件中的每个测序读段数据进行数据清洗，以获取质量合格的第一测序读段数据；将每个第一测序读段数据与预设的病毒基因组参考序列进行比对，并根据第一比对结果筛选，以确定第二测序读段数据；将第二测序读段数据和已存储的测序读段数据进行合并，并和预设的病毒基因组参考序列进行比对，以获得第二比对结果；根据第二比对结果确定测序深度，根据测序深度确定参考基因组覆盖度，并根据参考基因组覆盖度确定分析结果。
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