本发明公开了一种基于SS‑OCT手术导航系统的图像配准方法及系统，该方法先在SS‑OCT手术导航系统中引入引导光源对手术区域进行标记，通过引导光源在OCT图像与显微图像产生的激光点对作为基准点对，然后利用单应性矩阵求解基准点对之间的对应关系从而将OCT图像与二维显微图像进行配准。本发明首先在系统中引入引导光源进行基准点的设置，然后通过对二维显微图像与OCT图像中基准点对的对应关系进行求解实现两种不同模态图像的配准融合，使得扫描区域的信息显示更为直观形象，且配准误差为0.04mm左右，可用于术前手术规划及术后效果评估等医疗诊断的辅助，还可以作为医学培训的辅助工具，为初学者提供直观的结构深度信息。