本发明公开了一种用于对电能质量信号数据处理的方法及系统，属于电能计量领域。本发明方法包括：收集智能物联电能表电压和电流信号的原始数据，对原始数据进行电能质量分析，获取并记录电能质量信号数据；根据记录的电能质量信号数据构造平衡二叉树结构体，并进行参数设置；创建平衡二叉树结构体的根，宏定义平衡二叉树结构体的最大长度；建立平衡二叉树结构体的处理指令；判断平衡二叉树结构体是否存满电能质量信号数据的数据值，通过比较新的电能质量信号数据的数据值，与数据值的最大值和最小值，执行处理指令，对电能质量信号数据进行处理。本发明查询效率更高，同时极大地减少了搜索排序所占用的系统开销。