一种微纳星群星间链路通信最佳通信速率的确定方法，属于微纳星群星间链路通信技术领域，用以解决现有的星间链路通信时由于不能动态调整通信速率而导致通信效率不高或数据丢失问题。本发明的技术要点包括：根据不同的编码方式和调制方式构建多个编码调制方案；根据微纳星群星间链路通信误码率阈值要求获得多个编码调制方案对应的多个信噪比阈值；根据微纳卫星间通信距离和多个信噪比阈值计算获得多个编码调制方案对应的多个通信速率值；在多个通信速率值中选择最大值作为最佳通信速率。本发明实现了遥测数据的高效率和可靠性传输，对于提升微纳星群系统星间链路自适应信号处理具有重要意义，也对其他动态复杂环境下的无线通信提供重要借鉴。