本发明公开了一种脉冲宽度调制产生的超高次谐波预测方法及系统，分别获取脉宽调制的采样方式、脉宽调制设备的拓扑结构以及调制波和载波的波形；利用傅里叶变换基本理论推导调制变换器系统中的双重傅里叶变换公式；利用调制波和载波的波形计算推导的双重傅里叶变换中的待定参数，分别计算不同规则采样的系数；利用计算得到的不同规则采样的系数获得对应应用场景和采样方式下的超高次谐波产生结果的数学模型，根据不同规则采样的系数确定对应频率下的超高次谐波的幅值，对幅值高于0.05pu的超高次谐波进行处理，实现超高次谐波预测。本发明为减小超高次谐波而开展的脉宽调制方式设计、纹波滤波器设计、超高次谐波影响评估等工作提供理论和方法依据，有助于提升富含电力电子并网变流器的电网系统电能质量。