本说明书一个或多个实施例提供一种治理蓝藻水华的复合材料及其用途。具体地，所述复合材料包括粘土矿物、絮凝剂和功能微生物；其中，所述功能微生物负载于所述粘土矿物上；所述絮凝剂包裹所述粘土矿物。本说明书的技术方案，通过构建粘土矿物‑絮凝剂‑功能微生物三元复合材料，利用粘土矿物和絮凝剂沉降蓝藻，利用功能微生物抑制蓝藻复苏并降解藻源性污染物；能够在实现高效除藻除浊同时防控蓝藻复苏和藻源性污染物的释放，兼具生态安全性以及长效性，可大规模应用于湖泊等天然水体藻华治理，具有成本低廉的优势。