本发明公开了一种咽部菌群采集机器人，包括头部固定定位机构、变刚度机构、机械臂、采样台。在采集咽部菌群时，机器人中的头部固定定位机构中的丝杠机构可以根据待测人员的头部大小进行调整，达到固定待测人员头部的作用，在头部定位完成后，检测人员遵循设计的技术路线，通过控制器的控制，咽部菌群采集机器人的末端可以实现与人工采集相似的运动路径，完成咽部菌群的采集；采用变刚度机构，避免咽部菌群采集机器人末端与待测人员咽部的硬接触，同时头部固定定位机构由并联机构和丝杠组成提供了较好的支撑性和可适应性，适用广泛人群；测试人员在操作机器人时，遵循设计的技术路线，经过精确控制，采集样本准确性高，经过检测能得到准确的结果。