本发明公开了一种海上风电交流故障穿越协同控制方法、装置及存储介质，控制方法包括：当陆上受端换流站交流母线电压发生波动时，依据电压波动值计算得到无功功率调节值；将无功功率调节值与陆上受端换流站无功功率额定值之和作为陆上受端换流站无功功率整定值；当陆上受端换流站交流母线电压降低到设定值时，将陆上交流系统电压波动值作用到海上送端换流站交流母线低压限压环节，得到海上送端换流站交流母线低压限压输出值；将海上送端换流站交流母线低压限压输出值与海上送端换流站交流母线电压额定值比较取小，作为海上送端换流站交流母线电压整定值。在陆上受端换流站交流系统故障时，可迅速响应调整系统功率平衡。