本发明提供一种轨道交通钢轨电位的综合控制系统和方法，该系统包括服务器模块、多个智能监控模块、多个电位限制模块和多个电位采集模块；其中，多个智能监控模块设置于不同轨道站台内，多个电位采集模块与多个电位限制模块分别分布设置于轨道沿线上；电位限制模块与对应智能监控模块连接，服务器模块通过通信端口与多个智能监控模块和电位采集模块连接。本系统可以实现对轨道交通沿线钢轨电位的集中监测和对沿线所有钢轨电位限制模块进行集中管控，并将全线所有智能监控模块和服务器模块连接，实现信息交互。同时该系统还可以与现有杂散电流监测系统、电力监控系统连接进行信息交互，共同实现钢轨电位的综合管控。