本发明属于水产养殖领域中的鱼类性别鉴定领域，具体涉及鲌鲂杂交种先锋2号的性别特异分子标记及应用。本发明通过高通量测序的方法成功筛选到鲌鲂杂交鱼雄性性别特异性DNA片段，所述的特异性DNA片段为SEQ ID NO.1所示。针对该特异性序列，设计引物利用常规PCR扩增和普通琼脂糖电泳对能够准确快速鉴定出鲌鲂杂交鱼及其父本黑尾近红鲌的性别，且公开了其引物序列、PCR反应体系和条件。与之前解剖检测或生殖突观察相比，该技术具有准确、简单、快速，对鱼体伤害少等优点，解决了鲌鲂杂交鱼及黑尾红鲌性别鉴定的难题，将有助于大规模培育鲌鲂杂交鱼全雌体系。