本发明公开了一种海水脱硫控制方法和设备，该方法包括：将所述第一吸收塔和所述第二吸收塔中的一个作为本机吸收塔，另一个作为临机吸收塔；第一吸收塔和第二吸收塔共用一套脱硫海水增压系统。若满足第一预设条件，全开所述本机吸收塔的海水入口调节阀；若满足第二预设条件，基于第一预设速率增大所述本机吸收塔的海水入口调节阀的开度；若满足第三预设条件且不满足所述第一预设条件或所述第二预设条件，基于第二预设速率减小所述本机吸收塔的海水入口调节阀的开度；若满足第四预设条件，基于所述第二预设速率增大所述本机吸收塔的海水入口调节阀的开度，从而在保证吸收塔净烟气出口SO2浓度不超标和最小入口海水流量的基础上避免对海水入口调节阀进行手动调节，进而提高了海水脱硫系统的可靠性。