本发明提供了一种控制软土深基坑变形的加固系统及其施工方法，所述加固系统包括：围护墙，沿基坑的周向设置；裙边加固结构，沿所述围护墙的周向设置于所述围护墙的内侧；抽条加固结构，包括多个相互平行的条形加固体，相邻两个条形加固体之间具有间距，所述条形加固体的两端与所述围护墙的内壁抵接；至少一道支撑结构，每道所述支撑结构包括多根支撑杆，所述支撑杆与所述条形加固体相互平行且交替设置，所述支撑杆的两端与所述围护墙的内壁抵接。通过所述裙边加固结构与所述抽条加固结构对所述基坑的地基进行加固，在开挖期间能够有效提高软土深基坑被动区的抗力，进而能够有效控制软土基坑的围护墙变形，减小基坑周边环境的变形。