本发明公开一种水下钻孔爆破音的预测方法及系统，所述方法包括：基于多段单响延时连续爆破工艺，采用不同爆破药量进行水下钻孔爆破施工；记录钻爆点的具体经纬度、爆破时间、爆破药量和爆破时相关的海洋环境条件；布设多个监测站点，每个监测站点设置多个测量水层深度进行同步测量；获取水下钻爆监测数据，拟合出水下钻爆冲击波的平均峰值声压和爆破药量以及测量距离之间的估算公式；基于所述估算公式及水下钻爆监测数据拟合水下钻爆时的均方根声压级与距爆点水平距离之间的关系曲线；基于所述关系曲线预测水下钻爆所产生冲击波噪声对目标保护生物的影响范围。本发明可预测水下钻爆所产生冲击波噪声对目标保护生物的影响范围，提前进行预警。