本发明涉及一种应用于进气道喷醇式船用柴油甲醇双燃料发动机的进气温控系统及控制方法。进气温控系统包括：船舶柴油机、柴油电子控制单元，安装于空气管路外围的空气冷却器、喷醇器、甲醇电子控制单元、甲醇系统开关，进气温度传感器、电控三通冷却水阀门、冷却水旁通管路；所述电控三通冷却水阀门包括一路输入，二路输出，其一路输入端和一路输出端串接在冷却水进水管路，另一路输出端与冷却水出水管路并接；所述进气温度传感器的数据与甲醇电子控制单元相连，所述电控三通冷却水阀门由甲醇电子控制单元控制。本发明推动了柴油/甲醇组合燃烧技术(DMCC)在船舶发动机领域的应用，实现了进气温度的实时控制。