本发明公开了一种防治病害的复合微生物菌剂及其应用，涉及微生物菌剂技术领域，包括以下组分：所述复合微生物菌剂枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、沼泽红芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌、双歧杆菌、黄孢原毛平革菌、乳酸菌、泾阳链霉菌、稳定剂、壳聚糖改性膨润土、微量元素、黄腐酸钾，本发明制备微生物菌剂的可有效防治植物根部病害，具有十分突出的防治效果，可广泛应用于农业生产中；利用这种复合菌剂制备出的生物有机肥能够调理土壤，激活土壤中微生物活跃率，克服土壤板结，增加土壤空气温透性，对多种真菌性病害、细菌性病害具有防治作用，对病毒性病害有抑制作用。