本发明涉及一种风光水互补系统中长期优化调度方法，包括：基于分位数回归理论的中长期风光出力预测模型刻画风光出力不确定性，在给出风光发电功率预测分布回归曲线的同时，还更加准确地给出风光发电的不确定性区间；运用模糊机会约束刻画来水不确定性，调度时可选择合适的置信度区间来保持每次调度结束后水库库容保持在合理范围；综合考虑水库运行约束和电力平衡约束，建立风光水互补系统中长期优化调度模型。相较现有技术，本发明提高了电力系统调度的精准可靠性，并且在保证经济性的同时提高了新能源消纳。