本发明提供了一种利用基因序列信息预测药物最小抑菌浓度的方法，所述方法包括如下步骤：获取耐药菌的多个样本的基因组测序数据，并根据所述基因组测序数据生成耐药菌的SNP信息和/或核苷酸k‑mers计数信息；以至少一种碱基长度的平滑滑动窗口切割所述基因组测序数据，统计切割后所有碱基片段的出现频率，以至少一种碱基片段进行拼接，合并所得拼接结果与所对应的耐药菌的最小抑菌浓度，获得特征数据集；将所述耐药菌的样本随机分为训练集和测试集，采用特征数据集训练机器学习模型，并计算所述机器学习模型的预测精度。该方法预测准确度较高，可以缩短最小抑菌浓度的检测时间，对临床用药具有重要的指导意义。