一种船舯转运接驳分流系统的控制方法，通过一艘驳船位于清漂船一侧，或两艘清漂船分别位于清漂船两侧，驳船同时与船舯输送带和船艉输送带搭接，或者与其中之一搭接，打捞装置连续不间断打捞漂浮物，分流装置根据驳船搭接情况和具体搭接位置选择单向分流或双向分流，第一纵输送带和第二纵输送带输送漂浮物至对应的船舯输送带和船艉输送带，驳船承载漂浮物并转运至指定位置。本发明克服了原单线清漂导致只能对接一艘驳船，中途需要停机导致不能连续清漂，清漂效率低的问题，具有驳船停靠选择灵活，连续打捞清漂，连续转移漂浮物，中途不停机，清漂效率高，操作简单方便的特点。