本发明提供了一种复合凝胶堵水剂、制备方法及其使用方法，属于灌浆堵漏材料技术领域。本发明的一种复合凝胶堵水剂，包括A液和B液，其中A液由以下质量分数百分比的各组分组成：硅前驱体10.0‑15.0%、环氧胶粘剂1.0‑4.0%、丙烯酸盐20.0‑30.0%、交联剂0.1‑0.5%、促进剂4.0‑8.0%、缓凝剂0.0‑0.02%和水42.48‑64.9%；其中B液由以下质量分数百分比的各组分组成：引发剂1.0‑8.0%、催化剂0.01‑0.06%和水91.94‑98.99%。本发明通过使用环氧胶粘剂来改性丙烯酸盐的粘结性，可使灌浆材料的粘结强度升高，提高了灌浆材料与建筑物表面的粘结力，不会因失水干缩脱离建筑物的表面，且柔韧性好，能适应后期裂缝变形，起到长久堵漏的作用。