本发明公开了一种利用双荧光素酶报告基因系统及分子对接技术筛选PGC‑1α小分子调控剂的方法。通过构建PGC‑1α启动子序列的双荧光素酶报告基因载体，筛选直接激活PGC‑1α表达的小分子调控剂，同时对启动子序列进行截短，筛选出能够直接被小分子调控剂激活的核心启动子区域；对这段序列的DNA片段双螺旋结构进行模拟并采用分子对接的技术进一步分析调控剂与PGC‑1α启动子区域的结合位点，并针对不同的结合位点构建突变体进行双荧光素酶活性检测，从而确定小分子调控剂与PGC‑1α启动子结合的具体位点。本发明有助于新型PGC‑1α小分子调控剂的药物研制。