本发明公开了一种多重耐药微生物的检测方法，该检测方法先用核酸适配体磁珠捕获多重耐药微生物，并释放出与适配体互补的阻断序列，将蛋白质信号转化为核酸信号，再通过指数扩增反应扩增阻断序列，对扩增后的阻断序列进行测定。本发明在指数扩增反应体系中加入分子增强剂来抑制非特异性扩增反应，在测定过程中加入纳米级过渡金属二卤族化合物作为结果读取载体，进一步降低背景信号的强度。本发明操作简便、高效,可实现无背景、快速、超敏检测的目的，能解决传统检测技术检测周期长、灵敏度低、检测结果存在背景信号、受人为主观因素影响导致结果判读不准确、等温扩增反应存在严重的非特异性扩增等关键技术问题。本发明适用于检测微生物的耐药性。