本发明公开了一种分注注水井复合除垢方法，包含步骤：步骤S1、注入柴油0.5m3；步骤S2、注入清蜡剂1m3；步骤S3、注入隔离段塞水5m3；步骤S4、注入无机垢除垢剂5m3；步骤S5、注入隔离段塞水5m3；步骤S6、注入缓蚀剂1m3；步骤S7、注入中和碱液0.2m3；步骤S8、恢复注水。该分注注水井复合除垢方法以管柱内复杂垢为目的，以柴油清除垢表面原油，清蜡剂清除垢中蜡的成分，无机除垢剂清除无机垢。对比单一酸化除垢的方式，具有明显的降本和增效优势，能显著提高油田开发的效益。