本发明公开了一种电力电子变压器的低压穿越运行控制方法及系统，属于电力系统技术领域。在低压穿越运行中，充分考虑电力电子变压器的控制模式、功率方向及直流电压质量等因素的影响。在定功率模式下，采用无功功率优先的负序电流抑制策略，并维持故障前后有功功率的方向和水平。在定电压模式下，采用有功功率优先的直流电压波动抑制策略，并向电网提供无功支撑。在STATCOM模式下，采用有功功率优先的负序电流抑制策略，并向电网提供无功支撑。此外，采用与配电网阶段式电流保护的故障切除时间相配合的分段式电流限值给定方法。本发明能够适应电力电子变压器的多控制模式、双向功率等复杂工况，充分发挥其控制效能，有效提高电网供电可靠性。